2019年初，北京铁路运输检察院公益诉讼部门接到线索，称北京动车段内部废水经自建污水处理厂处理后直接排入丰台区黄土岗灌渠，可能对水生态环境造成损害。调查发现，北京动车段近年存在违法排污情况，多项排放指标超规定限值，对黄土岗灌渠排污口下游河道环境造成了损害。经鉴定，上述违法排污行为造成环境损害价值1956万余元。生态环境部门已做出行政处罚，但排污主体还应承担损害赔偿责任。

调查中，丰台区生态环境部门提出作为区政府指定赔偿权利人，启动与北京动车段的生态环境损害赔偿磋商程序。检方认为，此举有利于以最小成本实现受损公益修复的最佳效果，同意启动支持磋商程序并积极推动双方有效磋商。

北京动车段地跨丰台、大兴两区，排水问题涉及生态环境、水务等行政机关。排污口被封堵后，北京动车段日常生产作业受到极大影响。对此，北京铁路运输检察院发挥跨行政区划管辖优势，加强与丰台、大兴两区水务局及相关行政机关沟通，促成由北京动车段投资人民币2950万余元升级段内污水处理站，建设外排污水管道至市政管网，以替代修复方式实现生态环境损害赔偿。

目前，磋商双方已签订协议，替代修复工程已完工并投入使用，解决了企业近十年排放污水难题。这也是北京市检察机关提出探索构建公益诉讼检察工作新格局以来，首起支持政府指定的部门作为赔偿权利人启动、完成的生态环境损害赔偿磋商案件。