进入90年代，昌耀老了，岁序催人老。20世纪80年代的激情已渐渐离他而去，静默地内心省察成为他诗歌的主调，衰朽、寂灭、死亡等阴郁的字眼不时出现在他的诗句中。实际上，这时他只有50出头，在这样一个平均寿命不断增长的年月，这个年龄，无论如何不能称其为老。按照2000多年前，那个“发愤忘食，乐以忘忧，不知老之将至”的孔子为人生进境的界说，昌耀正值 “知天命”之年，这是一个经过了岁月的磨砺和技艺的锤炼，对人生已然大彻大悟从而确认了自我的可能性与局限性的年龄，一个即将完成创造的年龄，显然不能称其为老。然而昌耀真的老了，不在他的自然年龄，而在经过了将磨难中蕴集的诗情火山般喷发之后的那种彻骨的疲惫之感。
评论家李万庆曾将1986年看作昌耀诗风发生转变的关键一年，从那时起，昌耀的诗歌由通过客观外象的描述实现主观抒情的目的“走向隐喻性的抒情”，这得到了评论界的认同。
此后，昌耀于1989年完成了又一部煌煌巨篇《哈拉库图》，这首诗的产生既有诗人自身经历的因素，也有历史的怀想与追忆，这个蒙古语同时指称一个古代城堡的所在地，历史与现实，流动不居的岁月和自我与古老城堡在某个瞬间相遇的永恒，在这个宏大诗篇中融为一体，诗评家燎原认为《哈拉库图》是对20世纪80年代提供了“农牧混合场景中本土性的生态图像”的《雪。土伯特女人和她的男人及三个孩子之歌》的接续，是“为灰色生存中寻求突围的昌耀提供了一次最浩瀚的释放”。这首诗之于昌耀创作的重要性，在于它是最后一次强力地对现实中自我以外的历史和世界的咏叹，也是对远离了屈辱，同时也远离荒原大地的都市灰色生活的最初的也是最有力的抵抗，这首诗也可以看作是昌耀对20世纪80年代创作的总结。然后，昌耀陷入了现实的灰色生活的泥淖中，我们不能再见到那种元气充沛、畅快淋漓的对于大地的感恩与感叹，我们只能看到在碎屑的日常生活中的那一丝丝倦意，一种对个体生命的默察，一种对自我精神避免庸常伤害的回护。“现在我重新体验缺少激情的生活的劳累了”（《头戴便帽从城市到城市的造访》），就这样，昌耀进入了20世纪90年代。
诗人昌耀在90年代是无奈的。从一个热衷追求俗世事功的男人的角度来看，昌耀的生活绝不能说是落魄，他获得了不少头衔和荣誉，他的诗歌曾经得到了包括刘湛秋、邵燕祥、海子、骆一禾在内的新老诗人的普遍尊重，而且还有青海内外一批青年诗人的追随，在沸沸扬扬的“西部诗歌”浪潮中，他也渐成重镇，他的诗歌出现在了国内几乎所有重要的诗歌刊物上。然而，对于一个纯粹如赤子的诗人来说，这一切并不能使他体验到成功的幸福，他需要的是理解，而真正理解他的人确实太少。对于这样一位跋涉在艰难的诗艺探索路途中的诗人，本应得到更多的关注，但评论界因为惯用的理论话语面对昌耀所显现出的局促继而阐释力的丧失不得不保持谨慎的缄默，而在20世纪90年代数量大为减少的诗歌读者，更是缺乏必须经由公正典范和富有创造性的审美教育所培植出的对昌耀诗歌的接受能力，处于这样的文化语境中，不知昌耀是否曾在心中像查拉图斯特拉那样悲叹，“吾行太远，孑然失其侣”。事实上，昌耀渴望着理解，这就是为什么当他偶遇同道之人时，会由衷地发出“吾道不孤”欣悦感慨的原因。同时，他明明白白感受到了在20世纪90年代物质主义甚嚣尘上的环境中，那曾经在上帝身边吃着糖果的诗人，那曾经头戴桂枝编就的花冠的诗人在现实中被冷落、被边缘化的遭遇，这位声誉越来越高的诗人，出版一本装帧美观的诗集的梦想不得不屡屡在经济利益的杠杆面前受挫。或许一个诗人借助出版的渠道来获得更多的诗歌阅读者和心灵倾听者是与现实联系的重要通道，而这个通道在轻视精神生活的年代却显得那般狭窄。于是，无助的诗人只有挺身而出，进行自我拯救。他顽强地守护着诗歌的精神品格和显示一个时代文明程度的标示意义，甚至因此而显得有些偏执，因为他不会不明白，当诗集以印刷品的形式出现在流通领域，必然会带上某种商品的属性，但他依然认为自己的诗不是进入消费领域的。他自救的方式是自己筹资出版诗集，1993年7月，他为寻求诗集《命运之书》出版的可能性，写作了《诗人们只能自己救自己》一文，类乎一则筹资广告，但字里行间包含着的是忧愤，更是无奈，“我诚望此举不该被解释成诗人已到穷途末路，不，我诚望我的慨叹、吁请以及我拟自救的诗集能够带给诸君某种意义的思考”，这里所说的意义无疑是诗歌以及诗人在现实中的存在价值。
诗人昌耀在90年代是伤情的。婚姻出现危机，最终家庭破裂，他成了真正意义上的无家可归者，他只能在自己就职单位的办公室栖身。相比当年的被迫流放，这次他决意与以往生活告别而选择的流离失所，“街边的半失眠者顺理成章地成了大街的看守”（《大街看守》），无异于自我放逐。
在情感与理智同时呈现饥渴、焦虑的状态时，来自女性的温情适时而至，在20世纪90年代昌耀的诗文中，频频出现了代码为SY、修篁两名女性，她们给了他最大的情感慰藉，这种情感曾一度被诗人幻化为脱离人生苦境所凭借的舟楫，认为这种情感将使流浪者找到居所。他在一封给SY的信中，用热烈到灼烫的语言表述着对方之于自己的意义，“你是思想家，我是一个到老也不见成熟的孩子；你是游侠，我是求护的懦夫；你是夫子，我是你懵懂待启的晚生”，这些与自己的年龄不相符合倒像是热恋中的青涩、笨拙情人的言语，却再清晰不过地传达了一种对于被爱、被怜惜的渴念。但对方的犹疑冷却着昌耀的渴望，敏感的诗人渐渐感到了绝望，他惧怕爱的消失，“我亦疲乏，感受峻刻，别有隐痛，/但若失去你的爱我将重归粗俗。”“是的，也许我会宁静地走向寂灭，/如若死亡选择才是我最后可获的慰藉。”（《致修篁》）然而，爱终究没有结果，其中一个直接的原因是诗人的操守、人格、精神的力量难敌在20世纪90年代通行的物质至上的强势原则，“是的，朋友，滚滚红尘于今为烈。我以一生的蕴积——至诚、痴心、才情、气质与漫长的期待以获取她的芳心，而那个走江湖的药材商仅需一句‘第十八个’她已受宠若惊”（《无以名之的忧怀——伤情之二》）， 诗人在此痛苦地意识到两性关系中构成了审美境界的爱情，在诗意消解的年代，已然添加了商品的因子，已异化为随行就市、待价而沽的货物，诗人所追寻的爱与被爱之间缱绻缠绵、两情相悦、灵魂相遇的刹那间的感动与战栗已经在现实的利益交换之中烟消云散了，诗人竭力在爱中寻找的精神居所依然在虚无缥缈之间。
在这种境遇下，昌耀接近了《野草》和《地下室手记》的世界，这是昌耀在90年代屡屡给人提及并时常给人推荐的两部书。《野草》的作者曾评价《地下室手记》的作者为“人的灵魂的伟大的审问者”，而他本人则在“包含了自己全部哲学”的《野草》中对自我的精神、生存的意义以及在现实中立足的位置进行着严厉的诘问与审视，昌耀对这两部书的偏嗜，暗示着他是以迎受残酷和直面淋漓鲜血的坦然姿态去反观内心的，去冷静凝视自我撕裂的伤口的。
我们注意到此期昌耀的“大诗歌观”中，模糊了诗与文的文体界限，在他看来，诗乃是“流布天下随物赋形不可伪造”的精神，与分行与否无关，（《昌耀的诗·后记》），可以隐约感到，这种诗歌观念的形成与《野草》的文体、诗意的营造有某些内在的关联，昌耀晚年的写作有许多类似《野草》的那种灵魂独语式的散文诗体的文字，这种文体给予了昌耀表达内在真实最大的自由度。昌耀并不缺乏鲁迅那样“抉心自食”的大勇气，几乎在他20世纪90年代的所有诗作中，都可以看到他对自己内心的体察，和试图做出剀切剖析的努力。或许鲁迅在《野草》中那“与绝望抗战”的精神对昌耀产生了感召的作用，在经历了事业的孤独和情感挫折之后，这个血液里积淀着强烈的理想主义情怀的诗人坚决抵抗着绝望，他依然痴心不改地执着于精神家园的寻找。于是，他的笔下出现了这样的诗句，“我重新开始的旅行仍是家园的寻找”（《91年残稿》），“苦闷的心皈依田园概因灵魂渴望自卫”（《小满夜夕》），“灵魂的居所远比吃饭重要”（《灵语》），“当喧嚣一旦沉寂，泰然处之仅有做人的本分”（《一个早晨》），“我精神的栖所乃是出于人性普遍认同的良知”（《一个中国诗人在俄罗斯》），追求公正、普遍的人性、寻找灵魂的栖息之地，守护纯净的精神家园成为昌耀贯穿20世纪90年代写作的思想、情感线索，浸透着诗人紧扼命运咽喉的抵抗意志。
2000年3月23日，昌耀向着曙色的奋身一跃，证实了他对走向衰朽生命绝不通融的态度，这是“向死而生”的涅槃。在他临终前不久，获得了首届中国诗人奖，这绝不是一份安慰奖，而是他长久以来想获得的理解和承认。这份迟来的理解和青海文坛对他的长久关注与尊重，预示了他将在身后产生更为久远的影响。在他离世的16年之后，在他为之磨难为之泣血的青海高地，出现了一个以他的名字命名的诗歌奖，这是不是诗人精神再生的标识？我信！在他离世20年的每一个忌日，昌耀诗歌的热爱者和追随者们，用各种方式，向中国诗歌天宇中明亮的不朽的巨星致意，怀想那没有月光和花朵的荒原的良宵，感受哈拉库图古堡永恒的寂静与深邃，追念那个向东方顶礼的驭夫的身影……这是不是意味着诗人精神的迢遥传递？我信！
